A estrutura de Governança do Economus é composta por: Conselho Deliberativo, Conselho Fiscal e Diretoria Executiva.
O Conselho Deliberativo é o órgão de decisão e orientação superior do Economus, cabendo-lhe fixar, dentro dos objetivos sociais, sua política de funcionamento e estabelecer diretrizes e normas gerais para organização e administração, bem como para os planos de benefícios.
O Conselho Fiscal é o órgão de controle interno do Economus, responsável por zelar pela gestão econômico-financeira e o cumprimento das regras de governança.
A Diretoria Executiva é o órgão de administração geral, responsável por executar todos os atos necessários ao bom funcionamento, de acordo com as disposições da Lei, do Estatuto e das definições, diretrizes e normas estabelecidas pelo Conselho Deliberativo.